一、账单更难处理

帐户的基本原始证明是各种发票跟单据。一般纳税人的营业额对小规模纳税人来说肯定是高的，而且设计账单也更多。在每个月获得客户发票后，代理机构整理专业会计凭证并不是一项小任务。与增值税专用发票相关的入场券经过认证和扣除，操作过程复杂。

二、纳税申报过程复杂

小规模纳税人的增值税按季度申报的，一般纳税人按月申报，因此只是增值税，申请数量翻了两番。此外，每次填写的申报表格数量也大不相同。只要小规模增值税申报表格附有表格、附加材料和免税申报明细，一般纳税人必须填写增值税表格、附加信息表、两个、三个、四个、五个、也是这个期间扣除的进项税结构列表等，大约十几个表!

三、做账需谨慎

客户应提供每月银行对账单、工资明细、各种账单等，所以一般纳税人对账户的要求会比较高，现在还有进项票扣款，所以很多公司都会购买该票来欺骗性扣除，所以税务局会更加严格地检查。

直白的来说小规模纳税人的增值税是按季申报的，而一般纳税人是按月申报的，光一个增值税，申报次数就翻了四倍。报税的次数都不同的，价格肯定也就不一样的。